Нараховувати компенсуючі податкові зобов’язання з ПДВ за п. 198.5 ПКУ не потрібно, оскільки списання основного засобу регулюється спеціальною нормою — п. 189.9 ПКУ. За правильно оформленим документом про непридатність генератора ліквідація не вважається постачанням, а отже — ПДВ не нараховується.

Податкові наслідки зі списання
1. Чи нараховується ПДВ?
П. 189.9 ПКУ передбачає:

якщо основний засіб ліквідується за рішенням платника — така ліквідація прирівнюється до постачання і ПДВ нараховується на звичайну ціну, але не нижче залишкової вартості;
але ця норма не застосовується, якщо платник податку подає контролюючому органу документ, що підтверджує знищення, розібрання або перетворення об’єкта, внаслідок чого він не може використовуватись за своїм призначенням.
У вашій ситуації:

генератор повністю замортизований, залишкова вартість = 0;
комісія підтвердила повну непридатність для подальшого використання;
акт списання (наприклад, форма ОЗ-3 або власна форма з усіма реквізитами ст. 9 Закону про бухоблік) фіксує факт, що генератор неможливо використовувати за призначенням.
Отже, за наявності акта списання, який підтверджує непридатність, ПДВ не нараховується — база оподаткування дорівнює нулю.

П. 198.5 ПКУ у цьому випадку не застосовується взагалі, оскільки він не поширюється на ліквідацію основних засобів.

2. Подальша утилізація генератора
Викидати промислове обладнання на загальний смітник не можна — це порушення екологічних норм. Генератор містить метал, мастила та інші компоненти, що підлягають спеціальній утилізації.

Правильний порядок:

Акт списання із висновком комісії про непридатність.
Передача генератора підприємству, яке має ліцензію на поводження з металобрухтом або утилізацію техніки.
Отримання акта приймання-передачі на утилізацію.
Якщо при цьому утворюється металобрухт:

він оприбутковується як інший операційний дохід (Дт 209 / Кт 746 або через Дт 311 / Кт 746 — якщо здано за гроші),
і відповідно відображається у бухгалтерському обліку.
ПДВ на сам факт оприбуткування запчастин або металобрухту не нараховується (п. 189.10 ПКУ).

Отже -
компенсуючий ПДВ за п. 198.5 не застосовується;
за правильно оформленими документами ПДВ за п. 189.9 також не нараховується;
генератор може бути утилізований, але лише через спеціалізоване підприємство з документальним підтвердженням.

Раді допомогти, звертайтесь ще!