Так, переплата "авансу" у сумі 294,25 грн може бути вирахувана із оплати перших 5 днів лікарняного, якщо суму оплати лікарняного за рахунок підприємства Ви обліковуєте на 661 рахунку. Якщо ж ці суми обліковуються на 663 рахунку, тоді лікарняний виплачуйте повністю, а суму переплати 294,25 грн вирахуйте із зарплати за наступний місяць. Окремо ніяк документально це оформлювати не потрібно.

Строк виплати лікарняного за рахунок роботодавця і ПФУ однаковий - у найближчий після дня призначення допомоги строк, установлений для виплати заробітної плати (ст. 24 Закону 1105 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/1105-14#n1388).
Якщо лікарняні за рахунок ПФУ надійшли на спецрахунок пізніше цього строку, їх можна виплатити одразу після надходження або разом з наступною виплатою зарплати (наприклад, разом з "авансом" за грудень). Але частину лікарняного за рахунок підприємства виплачуйте разом із зарплатою за 2 половину листопада.

Раді допомогти, звертайтесь ще!