Пропоную розділити можливі наслідки та загальні вимоги щодо:

1.відповідності операції Закону про автомобільний транспорт та уникнення адмінгоспсанкцій за ст. 60 Закону про автомобільний транспорт;
2.забезпечення наявності первинного документа, який підтверджує реальність операції переміщення товару та разом із актом наданих послуг підтверджує реальність витрат на перевезення — у бухгалтерському та податковому аспектах, з точки зору ПКУ та податківців.

З точки зору транспортного законодавства.
Як ви і самі зазначаєте у питанні, перевізник — це фактичний перевізник.

Припустимо, ви заповнюєте ТТН даними ФОП-логіста (умовно експедитора). Автомобіль (вантажний) належить фізичній особі або ФОПу «А», за кермом фізична особа «Б». Авто зупиняє Держтрансбезпека (рейдовий контроль). Пред’являється ТТН із перевізником «ФОП-логіст». Водій не перебуває у трудових відносинах із ним і не зазначений у ТТН. Транспортний засіб зареєстрований на третю особу. Результат: штраф на водія (бо він єдиний наявний учасник) у розмірі 17 000 грн згідно зі ст. 60 Закону про автомобільний транспорт. Зрозуміло, що стягнення шкоди буде в першу чергу з цього ФОП-логіста, бо саме у нього є договірні відносини з фактичними перевізниками, але у разі інциденту це може вплинути і на ваше підприємство, оскільки відсутність правильної ТТН буде зафіксовано офіційно.

Податкові наслідки

Якщо перевезення відбулося без перевірок на дорозі, то вже потім, з точки зору податківців, такий документ, наявність якого може перевірятися під час податкової перевірки або подаватися разом із поясненнями при блокуванні ПН чи в інших випадках, може виявитися сумнівним. Податкова може з’ясувати, що у ФОП-логіста немає зареєстрованих через 20-ОПП транспортних засобів, і тоді вся конструкція руйнується: реальність операції не підтверджується.

Зворотна ситуація.
Документ заповнений даними фактичного перевізника, наявні всі підписи та первинні документи. Дійсно, у сучасній формі ТТН немає реквізиту для експедитора (ФОП-логіста). Але у п. 11 Правил № 363 прямо зазначено, що до ТТН можна вносити додаткові реквізити, а Інформаційна довідка (https://indev.gov.ua/storage/app/sites/1/uploaded-files/informaciina-dovidka-1-1.pdf) прямо вказує, що у разі необхідності зазначення експедитора — його слід вносити саме таким чином. Це буде правильна ситуація, яка не буде мати жодних негативних наслідків.

Наслідки

Звісно, така операція за варіантом 1 може пройти без наслідків, коли перевезення відбулося без потрапляння на рейдовий контроль, а податкова обмежилася формальним переглядом ТТН і не звіряла дані перевізника з його фактичними можливостями для перевезення. У більшості випадків саме так і відбувається. Але жодних гарантій немає.

Відповідальність.
Відповідальність за заповнення ТТН несе саме вантажовідправник. А перевізник має право відмовитися від перевезення, якщо йому не надано належних документів (Закон про автомобільний транспорт, ст. 51-1 та 52).

Тому, можливо, доцільно передоручити цю функцію логісту, закріпивши це договірними умовами: якщо він логіст, то може здійснювати відвантаження від вашого імені, і тоді він буде вантажовідправником, а вся відповідальність — на ньому. Договір із ним буде надійним захистом від претензій податкової, а копія ТТН, у якій експедитор зазначений як вантажовідправник, буде логічним продовженням такого договору.

Раді допомогти, звертайтесь ще!