Так, статус ФОП цьому не перешкоджає, додаток Ф3 можна подати, але в ньому зазначаються тільки доходи у вигляді заробітної плати та дивідендів, що оподатковуються ПДФО.
Доходи ФОП, навіть якщо він на загальній системі, у розрахунку права на податкову знижку участі не беруть.

Якщо місце роботи є, але заробітної плати немає — то й доходу для знижки також немає. Вона застосовується виключно до доходів, отриманих фізичною особою, визначених в відпоідному пункті ПКУ:

Згідно з пп. 166.3 ПКУ, платник податку має право включити до податкової знижки у зменшення оподатковуваного доходу за наслідками звітного податкового року, нарахованого у вигляді заробітної плати, зменшеного з урахуванням положень пункту 164.6 статті 164 цього Кодексу, або у вигляді дивідендів (крім сум дивідендів, які не включаються до розрахунку загального місячного (річного) оподатковуваного доходу).

Раді допомогти, звертайтесь ще!