Якщо немає документальних доказів перебування у відрядженні (крім наказу про відрядження), виплачені добові є додатковим благом працівника з оподаткуванням ПДФО 18% (з коефіцієнтом 1,219512) та ВЗ 5% (без коефіцієнта). (https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=40109)

Згідно з пп. 170.9.4 ПКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n3965) "авансовий звіт" в обов’язковому порядку складається у двох випадках:
а) наявності оподатковуваного доходу, визначеного відповідно до підпункту 170.9.1 ПКУ, з метою розрахунку суми податку;
б) використання платником податку готівки понад суму добових витрат (включаючи отриману із застосуванням платіжних інструментів).

Таким чином, "авансовий звіт" необхідно складати, якщо є оподатковані добові. При цьому його форма (https://zakon.rada.gov.ua/laws/file/text/107/f527668n44.docx) передбачає відображення розрахованих податків.

Детальніше про заповнення тут: https://7eminar.ua/events/3281/6618

ПДФО та ВЗ утримуються із зарплати без нарахування додаткової 1000 грн як зарплатного доходу:

ПДФО: Дт 661...Кт 6411 - 1000*1,219512*18%=219,51 грн

ВЗ: Дт 661...Кт 642 - 1000*5%=50 грн

Раді допомогти, звертайтесь ще!