На нашу думку, якщо розмитнений товар "в повному складі", але при оприбуткувнні на складі виявили нестачу, то в обліку можна провести так:

1) Варіант 1: нерезидент надасть кредит-ноту (зменшення суми до сплати) на цю недопоставлену позицію товару

Тоді в обліку буде так:

Дт 374 Кт 632 - зафіксували нестачу товару при поставці з виставленням суми претензії постачальнику на недопоставлений товар.

Таку кореспонденцію наводить МФУ в додатку 3 до Методрекомендацій по бухобліку запасів № 2 (https://zakon.rada.gov.ua/rada/show/v0002201-07#Text).

Якщо потім нерезидент в кредит-ноті чітко вказує, що вона надана на позиції, по яких виявлена нестача, то в обліку проводите:

Дт 374 Кт 632 - сторно - за тим курсом НБУ, який був використаний для проводки Дт 374 Кт 632 при оприбуткуванні решти імпортованих товарів

При цьому, оскільки ці товари (непоставлені Вам) не можуть бути використані в господарській діяльності, то в момент оприбуткування списуєте на витрати по ним:

Дт 949 Кт 377/митниця - мито
Дт 949 Кт 6412 - нараховані умовні ПЗ за п. 198.5 ПКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4931)на вхідний податковий кредит

2) Варіант 2: нерезидент надасть знижку при наступній поставці, яка "покриє" вартість недопоставленого товару, мито та ПДВ при імпорті

Тоді в обліку може бути так:

Дт 947 Кт 632 - зафіксована нестача товару

Дт 949 Кт 377//митниця - списано мито по цьому товару

Дт 6412 Кт 377/митниця - податковий кредит імпортний по цьому товару

Дт 949 Кт 6412 - нарахований умовний ПДВ за п. 198.5 ПКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4931) на вхідний кредит по імпорту по цьому товару

Дт 281 Кт 632 - оприбуткована наступна партія товару, ціна якого визначена з урахуванням наданої знижки (п. 9 НПСБО 9, https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0751-99#Text)

Додатково рекомендуємо отримати роз`яснення МФУ

Раді допомогти, звертайтесь ще!