На нашу думку, якщо договором передбачено, що саме Ви мали сплатити цю суму комісії банккам та платіжній системі, то - так, можна вважати, що кошти надійшли в повному обсязі.

Якщо ж за договором ці комісії мав сплатити постачальник, але чомусь сплатили Ви, то такі суми будуть вважатися недоплатою нерезидента.

Про те, що у Вас все добре з оплатою для цілей РЕЗ, Ви отримуєте Повідомлення від ДПС в електронний кабінет на сайті ДПС

ДПСУ надає таку позицію в ЗІР (101.29, https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=42749):

"Діє з 01.12.2024 В податковій декларації якого звітного періоду відображається коригування податкового зобов’язання на підставі РК-3, якщо він складений в одному звітному періоді, а зареєстрований в ЄРПН в наступному?

Відповідь:

... Підставою для складання РК-3 є отримання від банку інформації про завершення розрахунків платників податків за операціями з експорту окремих видів товарів.
Така інформація протягом трьох робочих днів, наступних за днем завершення розрахунків за відповідною операцією, надається банком ДПС шляхом надсилання Повідомлення про завершення розрахунків платників податків за відповідними операціями з експорту товарів, до яких застосовано режим експортного забезпечення (далі – Повідомлення) в порядку, встановленому наказом Міністерства фінансів України від 9 жовтня 2023 року № 535 «Про затвердження форми Повідомлення про завершення розрахунків платників податків за відповідними операціями з експорту товарів, до яких застосовано режим експортного забезпечення, та Порядку його подання банками до Державної податкової служби України», у вигляді електронного документа з дотриманням вимог законів України від 22 травня 2003 року № 851-IV «Про електронні документи та електронний документообіг» та від 05 жовтня 2017 року № 2155-VIII «Про електронну ідентифікацію та електронні довірчі послуги».
Отримане Повідомлення не пізніше наступного робочого дня після отримання від банку ДПС розміщує в електронному кабінеті платника податку.
У РК-3 може бути вказано тільки один код причини коригування (графа 2.1 розділу Б табличної частини): 503.
РК-3 може бути складений тільки на зміну вказаної у ПН-РЕЗ ставки податку (0 відс. замість 14 або 20 відс.), та суми податку.
В ЄРПН може бути зареєстровано тільки один РК-3.
Після отримання Повідомлення, складання та реєстрації в ЄРПН РК-3 на зміну вказаної у ПН-РЕЗ ставки податку (0 відс. замість 14 або 20 відс.) сума податку, вказана в рядках 2.3.2, або 2.3.3 податкової декларації з ПДВ (далі – декларація), коригується шляхом відображення в рядках 7.2.2 або 7.2.3 декларації відповідно, зі знаком «-»..."

Отже, Повідомлення про завершення розрахунків по експорту банк надає протягом 3х р.д.після завершення таких розрахунків, і на наступний день після отримання ДПС має "покласти" Вам його в електронний кабінет платника.

Тому рекомендуємо передивитися Повідомлення в режимі «Вхідні» меню «Вхідні/вихідні документи» приватної частини Електронного кабінету. Додатково в верхньому меню можете обрати "Повідомлення"

Раді допомогти, звертайтесь ще!