На нашу думку, все залежить від того - як саме Ви провели в обліку сам товар, якого не вистачає

Варіант 1

На нашу думку, якщо Ви виявили нестачу товару при оприбуткуванні імпортного товару, то в обліку мали б провести:

Дт 374 Кт 632 - з виставленням суми претензії постачальнику на недопоставлений товар.

Таку кореспонденцію наводить МФУ в додатку 3 до Методрекомендацій по бухобліку запасів № 2 (https://zakon.rada.gov.ua/rada/show/v0002201-07#Text)

Якщо в кредит-ноті чітко визначено, що вона надана на позиції, по яких виявлена нестача, то в обліку проводите:

Дт 374 Кт 632 - сторно

При цьому, оскільки ці товари (непоставлені Вам) не можуть бути використані в господарській діяльності, то списуєте на витрати по ним:

Дт 949 Кт 377/митниця - мито

Дт 949 Кт 6412 - нараховані умовні ПЗ за п. 198.5 ПКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4931) на вхідний податковий кредит - в межах виявленої нестачі

Варіант 2

Якщо Ви оприбуткували весь товар за даними митної декларації, в т.ч. і той по якому нестача

Дт 281 Кт 632 - товар

Дт 281 Кт 377 - мито

Дт 6412 Кт 377 - податковий кредит

А потім списали цей товар як виявлену нестачу на території України:

Дт 947 Кт 281 - списано по первісній вартості товару в нестачі

Дт 949 Кт 6412 - нараховані умовні ПЗ за п. 198.5 ПКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4931) на вхідний податковий кредит по списаному товару

То кредит-нота проводиться так:

Дт 632 Кт 719

Додатково рекомендуємо отримати роз`яснення МФУ

Раді допомогти, звертайтесь ще!